Inaugurado em 2022, o MCI foi criado com o propósito de articular, pesquisar, fortalecer e comunicar as histórias e memórias de resistência e resiliência indígenas, a arte indígena e produções artísticas, intelectuais e tecnológicas dos diversos povos e etnias indígenas em São Paulo. Espaço de diálogo intercultural entre povos indígenas e não indígenas, onde a memória da ancestralidade permite, aos diversos povos originários, compartilhar suas ideias, saberes, conhecimentos, filosofias, músicas, artes, memórias e histórias, o Museu das Culturas Indígenas é administrado pela Secretaria da Cultura, Economia e Indústria Criativas do Estado, em parceria com a ACAM Portinari e o Instituto Maracá, com um conselho composto por lideranças de diversos povos indígenas.